O comandante era o favorito desde a saída de Alberto Valentim para o futebol árabe. No entanto, as negociações sequer foram abertas, pelo pouco tempo em que havia pedido demissão do Gigante da Colina. Porém, o Fogão negociou com Zé Ricardo nos últimos dias e concretizou a negociação.
Com 47 anos, Zé chega ao seu terceiro clube. O treinador assumiu o Flamengo, depois que Muricy Ramalho deixou a equipe, e brigou pelo título do Campeonato Brasileiro de 2016, ficando em terceiro lugar. No entanto, deixou a desejar em 2017, caindo na fase de grupos da Libertadores da América, e foi demitido em agosto daquele ano, depois de perder para o Vitória.
No mesmo ano, assumiu o Vasco em uma situação caótica. O time brigava contra o rebaixamento, e mesmo com o elenco limitado, Zé Ricardo conseguiu levar o clube para a Libertadores desta temporada. Porém, em 2018, foi questionado por não conseguir fazer o time repetir as mesmas atuações e sofrer muitos gols. Pediu demissão após a derrota por 2 a 1 frente ao Botafogo, no Brasileirão.
Com o Fla, foram 89 jogos, com 48 vitórias, 25 empates e 16 derrotas, conquistando o Campeonato Carioca.