Com 31 anos, Gatito iniciou a carreira no Cerro Porteño, e tem passagens pelos argentinos Estudiantes e Racing, além do Utrecht, da Holanda. No Brasil, chegou em 2014 no Vitória-BA, onde atuou por duas temporadas antes de se transferir para o Figueirense-SC, e de lá para o Botafogo, em 2017.
Seu desempenho em campo atraiu o interesse do FC Porto, que procura um substituto para Iker Casillas, de 38 anos, e que sofreu um infarto durante a temporada 2018/2019. O contrato com o Botafogo vai até o fim de 2021, e o valor da negociação pode girar em torno de R$ 15 milhões.
Gatito Fernández ganhou uns dias de folga após a participação na Copa América, e deve retornar aos treinos no clube nesta semana. O Botafogo retorna a campo no dia 14 de julho, quando visitará o Cruzeiro, no Mineirão, pela 10ª rodada do Campeonato Brasileiro..