Formado nas categorias de base do Flamengo, Michel Macedo iniciou sua carreira profissional no Almería, da Espanha. Em 2013, foi emprestado ao Atlético e conquistou o Campeonato Mineiro e a Libertadores. Na decisão do torneio continental, contra o Olimpia, o defensor foi titular.
Depois da passagem pelo Galo, ficou outras duas temporadas no Almería até ser contratado pelo também espanhol Las Palmas. O lateral chegou ao Corinthians em 2019, onde faturou o Campeonato Paulista daquele ano. Em duas temporadas pelo clube paulista, disputou 29 jogos e marcou um gol.
Por fim, Michel Macedo foi emprestado para o Juventude em 2021. Ao todo, foram três assistências em 31 partidas pela equipe gaúcha, que escapou do rebaixamento em seu retorno à Série A depois de 14 anos.