A manutenção seria um pedido do técnico Mano Menezes, que espera contar mais com o jogador nesta temporada. Em 2016, Elber conviveu com constantes problemas físicos e não teve grande sequência. Foram três lesões durante o ano. Ele ficou parado entre 12 e 27 de junho com edema na coxa esquerda. Pouco tempo depois, ele voltou ao departamento médico com estiramento na coxa direita e ficou em tratamento de 3 de julho a 24 de agosto. Em outubro, o atacante voltou a sentir um desconforto na mesma coxa e só voltou aos treinos no final de novembro.
Elber disputou 30 partidas pelo Cruzeiro na temporada - 16 delas como titular. O meia-atacante marcou quatro gols, distribuiu cinco assistências e recebeu um cartão amarelo. A passagem pelo Sport foi boa. Em 2015, foram 55 partidas pelo rubro-negro e 12 gols marcados.