Em agosto de 2016, antes de assumir a titularidade da equipe em função da grave lesão de Fábio, Rafael já havia renovado contrato com o Cruzeiro até dezembro de 2019. Depois de mostrar o potencial e seguir no time de Mano Menezes por longo período mesmo com Fábio à disposição, o jogador será novamente valorizado pela equipe celeste.
Rafael foi formado nas categorias de base da Raposa e estreou no time titular na vitória por 2 a 1 sobre o América, em 29 de maio de 2008, em amistoso realizado no Independência. Desde então, disputou mais 87 partidas. A mais emblemática delas foi na que o time celeste goleou o rival Atlético por 6 a 1, em 2011, que garantiu ao Cruzeiro a permanência na Série A do Campeonato Brasileiro – Fábio não jogou por estar suspenso.