Em 2016, o jogador fez 27 partidas com a camisa do Tricolor baiano, 19 delas na Série B do Brasileirão. A equipe terminou a competição na quarta colocação, conquistando o acesso junto ao Atlético-GO, Avaí e Vasco.
João Paulo será o sétimo reforço apresentado pelo Figueirense até agora na temporada. Além do lateral, os atacantes Zé Love, Anderson Aquino e Bill, o goleiro Luis Carlos e os zagueiros Dirceu e Leandro Almeida, também ex-Palmeiras.
Na estreia da Primeira Liga, o Figueirense foi derrotado pelo Londrina em casa, no Orlando Scarpelli, por 1 a 0. A primeira partida da equipe no Campeonato Catarinense será nesta quarta-feira, contra o Joinville, fora de casa.