Em 2013, Rafinha optou por defender a Seleção Brasileira, sendo lembrado por Alexandre Gallo para o Campeonato Sul-Americano Sub-20. Assim, ele seguiu caminho diferente ao do irmão Thiago Alcântara - ambos são filhos do tetracampeão mundial e ex-jogador Mazinho -, que joga pela Espanha.
"A CBF não tinha o procedimento de convocar jogadores de fora do país para as seleções de base. Como o meu irmão já tinha sido convocado para a base da Espanha, desistiu e assumiu e vez a seleção espanhola", comentou Rafinha, explicando a opção do seu irmão.
Ambos cresceram na Europa e se formaram nas divisões de base do Barcelona - Thiago defende atualmente o Bayern de Munique. Para Rafinha, essa experiência foi fundamental para o seu desenvolvimento como jogador.
"Acho que taticamente me acrescentou muito. Jogo no Barcelona desde os 13 anos, passei por todas as categorias da Escola Barcelona, onde o sistema de jogo é padronizado, então isso me permitiu evoluir, aprender muito, pois na Espanha dão muita importância à parte tática. Claro que o dom de jogar não vem da Europa, isso não se tira de ninguém, afinal comecei a jogar no meu País", afirmou.