Assim como acontecera na cerimônia de abertura dos Jogos Paralímpicos, a festa de encerramento também teve protesto contra o presidente da República, Michel Temer. Mas, em vez das vaias, a manifestação foi "silenciosa": guitarrista da banda Nação Zumbi, Lucio Maia exibiu para as câmeras de TV a inscrição "Fora, Temer" atrás do instrumento musical.
O protesto aconteceu cerca de 35 minutos após o início da festa de encerramento. Como o palco fica longe das arquibancadas, a inscrição só pôde ser vista pela TV, na transmissão ao vivo. O músico aproveitou o momento em que o câmera do palco lhe filmava de perto para virar a guitarra e mostrar a inscrição.
Nas redes sociais, o público se dividiu com a atitude do guitarrista. Enquanto muitos aprovaram o protesto, outros criticaram a atitude. Na cerimônia de abertura, Michel Temer esteve no Maracanã e foi vaiado quatro vezes. Ele não compareceu à festa de encerramento.
Entre as autoridades estavam presentes Eduardo Paes, prefeito do Rio; Luiz Fernando Pezão, governador licenciado; Rodrigo Maia, presidente da Câmara dos Deputados; Raul Jungmann, ministro da Defesa; Leonardo Picciani, ministro do Esporte, entre outros.