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A medida foi tomada pelo Primeiro Tribunal de Instrução Anticorrupção de Santa Cruz de La Sierra com o intuito de evitar riscos como o perigo de fuga e obstrução da investigação por seu conhecimento de outras pessoas implicadas nos fatos. Vargas já estava na cidade colombiana sob custódia policial na última quarta-feira, quando foi internado num hospital local para uma avaliação médica.
As primeiras investigações na Bolívia apontam para graves negligências no plano de voo, especialmente falta de combustível para enfrentar um eventual prolongamento do trajeto. Além disso, está sendo investigado supostas irregularidades na concessão de permissões de funcionamento para a LaMia, que operava exclusivamente voos charter.
O voo da LaMia caiu na madrugada de segunda para terça-feira, dia 29 de novembro, perto de Medellín, deixando 71 mortos, entre eles diversos jogadores, comissão técnica e diretoria da Chapecoense. Das 77 pessoas que estavam na aeronave, apenas seis sobreviveram: três atletas, um jornalista e dois membros da tripulação.
O Ministério Público da Bolívia também confiscou dois aviões da LaMia que estavam desde 2014 em um hangar militar no centro do país e mantém investigações por homicídio.

