João Pedro foi flagrado no exame antidoping realizado depois do empate por 0 a 0 do Cagliari com o Sassuolo, dia 11 de fevereiro, pelo Campeonato Italiano. O brasileiro testou positivo para o diurético hidroclorotiazida e foi suspenso provisoriamente pelo tribunal no dia 3 de março.
A justificativa de João Pedro para o resultado do exame foi de ingestão involuntária, provavelmente após o erro de algum de seus médicos na indicação de um medicamento. Mas a alegação não foi suficiente para absolvê-lo.
A Justiça italiana chegou a pedir que João Pedro fosse suspenso por quatro anos, mas a decisão do tribunal foi bem menos dura. Como a suspensão é retroativa, já leva em consideração os dias que o jogador ficou fora do esporte desde março.
Revelado pelo Atlético e com breve passagem pelo Santos entre 2012 e 2013, João Pedro está no Cagliari desde 2014, após ter sido contratado junto ao Estoril, de Portugal, onde também já defendeu o Vitória de Guimarães. Ele também vestiu as camisas de Palermo e do Peñarol em sua carreira profissional.