O treinador é conhecido por ter algumas convicções, que nem sempre agradam a todos. Um exemplo claro disso é o rodízio de jogadores, questionado por muitos em Porto Alegre. A preparação física do Colorado também foi muito criticada. A área era comandada pelo preparador Fernando Pignatares, homem de confiança de Aguirre. No Galo, o comando da preparação física deverá ficar a cargo de Carlinhos Neves, que negocia detalhes para o retorno ao Atlético.
Por outro lado, o uruguaio tem um histórico de trabalhar com a base, sempre aberto a novas oportunidades aos jovens das categorias inferiores. Ele também encontrou um esquema ideial e conseguiu fazer do Colorado a melhor equipe brasileira nesta edição da Copa Libertadores. O clube gaúcho foi eliminado na semifinal pelo Tigres, do México. Apesar disso, foi demitido do Colorado.
Confira o depoimento de dois jornalista que acompanharam o treinador no Inter:
Rafael Pfeiffer, Rádio Guaíba
“O principal ponto positivo que ele deixou na passagem por Porto Alegre talvez tenha sido uma construção do time do Inter. Ele definiu o esquema e foi levando o Inter bem na Copa Libertadores com isso. Outro ponto positivo é que ele não tem medo de apostar nos jovens. Ele fez isso no Campeonato Gaúcho, descobrindo o Valdívia e o Rodrigo Dourado, dois jogadores que são fundamentais no esquema do Inter. O grande problema é que ele não deu muitas oportunidades ao Vitinho, que merecia. Mas são escolhas, e cada um tem o seu critério.
Ele tem alguns pontos negativos também. O Inter abusou do rodízio de jogadores, principalmente no Campeoanto Brasileiro, e em algumas partidas que não necessitava fazer esse rodízio. No jogo contra o Sport, perdeu com o time reserva, mas poderia utilizar os titulares. Muita gente coloca que o Inter só não está classificado para a Libertadores por causa do Diego Aguirre. E o principal para as críticas foi a escolha do preparador físico Fernando Pignatares, que fez um trabalho muito ruim no Inter. E quando foi cobrado pela diretoria, não aceitou as críticas. O Aguirre também não tinha bom relacionamento com o Carlos Pellegrini, vice-presidente de futebol. Ele era o homem de confiança do vice-presidente que começou o ano, o Luiz Fernando Costa, que acabou morrendo. Então por isso ele nunca teve o respaldo da diretoria atual”
Leandro Behs, RBS
“A preparação física foi muito questionada. Foi um aspecto negativo, atrasou demais o Inter. Em determinadas partidas era nítido que faltava perna. Ele trouxe seu próprio preparador (Fernando Pignatares), que trabalha com outros métodos. A direção foi perceber isso no fim, quando demitiu o Aguirre.
Outro ponto questionado era o rodízio, que é um dogma dele. Ele não joga com o mesmo time duas competições diferentes. Sempre prioriza uma. O Inter começou bem assim disputando o Gauchão com os reservas. No Brasileiro, não deu certo. Largou muito mal. Foi goleado na estreia pelo Atlético-PR. O time reserva não tinha padrão, tinha muitas dificuldades.
O grande mérito dele foi dar velocidade, fluidez no ataque. Ele jogava em um 4-2-3-1, com Sasha, Valdivia e Nilmar. Ganhou o Gauchão com facilidade, arrasando o Grêmio nos primeiros 45 minutos da decisão, depois diminuiu a intensidade no segundo tempo. No geral, o Aguirre tem boas ideias de futebol. Quando tinha pernas, o time jogou muito bem. Teve ótima atuação contra o próprio Atlético”.