André chegou ao Atlético em julho de 2011 e ajudou o clube a escapar do rebaixamento naquele ano. No início de 2012 o atacante teve a melhor sequência com a camisa do clube, porém perdeu espaço após a chega de Jô e acumulou empréstimos para o Santos, Vasco da Gama e Sport.
A diretoria alvinegra não confirma se houve algum valor envolvido na liberação de André para o Corinthians. Segundo a assessoria do clube, a negociação foi à parte, sem nenhuma relação com a saída de Giovanni Augusto, também para o clube paulista.
André, de 25 anos, é o maior investimento da história do Atlético. Os valores para contar com o atacante se aproximaram dos R$ 20 milhões.O Atlético recuperou parte do investimento quando emprestou o atacante para o Santos. O clube paulista chegou a adquirir 25% dos direitos por cerca de R$ 5 milhões.
De volta ao Atlético em 2014, ficou marcado por uma foto na qual aparece “apagado” em uma noitada e pelo afastamento do elenco, juntamente com Jô e Emerson Conceição, depois de cometer atos de indisciplina durante a passagem do clube por Curitiba.
Com a eleição de Daniel Nepomuceno para presidente, foi reintegrado ao grupo, em uma tentativa de recuperar o atacante e, principalmente, o alto investimento feito pelo clube. Emprestado ao Sport em junho, fez um bom Campeonato Brasileiro pelo time pernambucano. Marcou 13 gols em 29 jogos.
Ganhou nova oportunidade no Atlético, mas, outra vez, se envolveu em polêmica. Com pré-contrato assinado com o Corinthians, o atacante vinha forçando a saída do Galo. Fora da delegação que disputou a Florida Cup, André provocou revolta na torcida ao publicar nas redes sociais uma foto com a camisa atleticana, mas com o escudo apagado. Dias depois, foi novamente afastado do elenco principal. Ele deixa o Atlético com 81 jogos e 32 gols anotados.